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鑑於養牛等畜牧業為本縣最主要一級產業，而防範動物疫病傳播攸關農民生計命脈與產業發展至為重要，然地區時常因地緣關係受到動物疫病傳播的威脅，影響畜牧產業的發展與產品行銷，縣府積極進行相關防疫作為以杜絕疫病發生。
封鎖線/圖金門縣政府提供
由於地區仍為口蹄疫施打疫苗非疫區、應施打牛結節疹疫苗區及外來海漂動物屍體高風險區，為阻絕動物疫病傳播，金門縣動植物防疫所依據「動物傳染病防治條例」為防治動物傳染病之發生、傳染及蔓延，宣導動物所有人或管理人，於其動物因罹患或疑患動物傳染病或病因不明而死亡時，應立即向防疫所報告，並將動物屍體送到防疫所由獸醫師進行相關的判定後焚化，降低疫病風險與減少任意掩埋或拋棄產生污染的問題，並大幅減輕農民處理的負擔。
沿路建華消毒_/圖金門縣政府
當動物屍體體積過大無法進入防疫所焚化爐，且有疫病傳播風險時，依空氣污染防制法第90條規定申請進行緊急露天燃燒等防疫措施，目前委託廠商採用自國外進口的燃燒櫃處理，大幅減少空汙的問題，也加速屍體焚化的過程阻絕疫病傳播，如預報空氣品質不良(AQI>100)時，則暫緩作業，減少對空氣品質的影響。
防疫所進行動物屍體緊急處置焚化說明/圖金門縣政府提供
近期部分民眾針對防疫所處置流程產生疑慮，防疫所也請民眾諒解，因防疫而實施之燒燬、掩埋、消毒及其他必要處置措施行為，而部分動物疾病具有人畜共通傳染的特性，基於公共衛生安全，防疫人員會穿戴防護設備並實施封鎖管制，防疫所依據「動物傳染病防治條例」也籲請非防疫人員切勿進入處置封鎖區域以避免接觸，因應未來地區畜牧產業防疫相關需求，防疫所目前已經向農委會申請補助，建置新的焚化設備，讓地區畜牧產業維持安全生產環境。
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